弥生時代は、前代（縄文時代）とはうってかわって、集落・地域間の戦争が頻発した時代であったとされる。 集落の周りに濠をめぐらせた環濠集落や、低地から100m以上の比高差を持つような山頂部に集落を構える高地性集落などは、集落間の争いがあったことの証拠とされ、また、武器の傷をうけたような痕跡のある人骨（受傷人骨）の存在なども、戦乱の裏づけとして理解されてきた。 しかし、近年ではこうした一面的な理解に対する反論も多く、未だ定説となるに至っていない。
弥生時代前期の墓には、人骨の胸から腰にかけての位置から十五本の石鏃が出土した例がある。 このように、多くの石鏃が胸部付近に集中して見つかる墓の事例は、瀬戸内海を中心とする西日本一帯に比較的多く見られる。以前には、こうした例は、戦闘の際に矢を何本も射込まれて、やっと倒れた人物と解釈されることが多く、「英雄」などとも呼ばれた。 しかしながら近年では、矢を特定の部位に集中して射込まれていることの不自然さから、むしろ埋葬の際に副葬品として鏃を胸のあたりに埋納した、あるいは何らかの儀礼的行為の際の犠牲（生け贄）となって胸に矢を射込まれたなどといった解釈も現れている。 また、北部九州では、前期から中期にかけて銅剣・銅戈・石剣・石戈の切っ先が棺内から出土することが多い。
こうした例は、従来、武器を人体に刺突した際に先端が折れて体内に残ったものと解釈されてきたが、これも、武器の先端を折りとって副葬品として棺内に埋納するという風習があったのではないかといった反論がだされており、決着はついていない。 さらに、佐賀県吉野ヶ里遺跡や福岡県筑紫野隈・西小田遺跡などでは、中期前葉の男性甕棺数が女性の倍にも達する事実は男性が戦闘に参加する機会が多いことを示すと考えられるし、甕棺内に頭部を除く全身が埋葬されていたと考えられる事例が見つかっており、しばしば戦闘の際に敵に頭部を切り取られた死者を連れ帰り、埋葬したものと理解されているが、このような例が本当に戦闘の犠牲者なのか、それとも何らかの儀礼的行為によるものなのかは実際のところは未だ論証されていない。
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これに対して、受傷人骨の中でも、明らかに武器によってつけられたと考えられる傷のある人骨の存在は、戦闘の存在を示す証拠として扱うことが可能である。 例えば、額から右眼にかけて致命的な傷痕があり、更に右手首を骨折していた人骨が見つかっているが、右手首の骨折は、攻撃から身を守る際につけられる、防御創と呼ばれる種類の傷としては一般的なもので、争いによる受傷者である可能性は極めて高い。また、人骨に武器の切っ先が嵌入している事例も、北部九州を中心に数例が確認されているが、これらは武器による受傷人骨であることが明らかである。 このような受傷人骨の例は縄文時代にもないわけではないが、弥生時代には前代と比べて明らかに数が増加しており、縄文時代と比べて戦闘が頻繁に起こったことは確実といえる。
また、戦闘の証拠とされる上記のような事例のうち、武器の切っ先が棺内から出土する例、頭部がない人骨、あるいは人骨に残る受傷例などは、前期後半?中期前半の北部九州地域、特に福岡県小郡市を中心とした地域に多く認められることが特徴的である。 弥生前期後半から中期前半は、西日本の多くの地域で集落が可耕地に乏しい丘陵上へと一斉に進出することが指摘されており、各地域において弥生集団が急激な人口の増加を背景に可耕地の拡大を求めた時期であるとされる。 この可耕地の拡大が原因となって、各地で土地と水に絡む戦いが頻発したものと考えられ、中でも北部九州における受傷人骨の多さは、こうした争いが頻発した証拠と考えられている。なお、中期後半以降は受傷人骨や切先が棺内から出土する例は減少する。
環濠集落は、このような集団同士の争いに備えた防衛集落であったと考えられていた。